Die Code-Abfrage lautet dann so:
SPFieldLookup spFieldLookup = (SPFieldLookup)spListItem.Fields[property];
SPList spLookupList = spListItem.Web.Lists[new Guid(spFieldLookup.LookupList)];
SPQuery query = String.Format("{1} ", spLookupFieldName, value);
query.ViewAttributes += " Scope=\"RecursiveAll\"";
SPListItemCollection results = spLookupList.GetItems(query);
spListItem und property sind das SPListItem welches ich updaten möchte und der Name des Lookup-Feldes, welches benutzt werden soll. value ist der Foldername, nach dem gesucht werden soll.
Mehr zum dem Attribut "Scope" gibt es auf http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms438338.aspx.