Witzigerweise stehen diese Gruppen auch nicht per Default zur Verfügung, wenn man in "All People" versucht, einen Benutzer gleich einer Gruppe hinzuzufügen.
Abhilfe schafft hier das Property "vti_associategroups" vom Rootweb, dem man semikolonsepariert die IDs der Benutzergruppen zuweisen muss:
List quickLaunchGroupIDs = new List();
...
// create a new spGroup here and add its ID to the list
quickLaunchGroupIDs.Add(spGroup.ID.ToString());
rootWeb.AllProperties["vti_associategroups"] = string.Join(";", quickLaunchGroupIDs.ToArray());
rootWeb.Update();